Pred gastroskopickým vyšetrením sa nesmie 10-12 hodín prijímať strava, 6-8 hodín piť tekutiny a nesmie sa ani fajčiť. Lekára treba informovať o užívaných liekoch, najmä tých, ktoré ovplyvňujú zrážanie krvi. Z ústnej dutiny je nutné odstrániť prípadnú snímateľnú zubnú protézu, pearsing. Pred zavedením prístroja sa hrdlo znecitliví lokálnym anestetikom v spreji. U malej časti pacientov, ktorí sú nepokojní alebo majú veľké obavy z vyšetrenia, je možné podať do žily utlmujúci liek. Pri podaní hypnosedatíva, si pacient musí vopred zabezpečiť doprovod a odvoz z ambulancie a 6 hodinové sledovanie druhou osobou v domácom prostredí! Gastroskopia sa vykonáva ležmo v polohe na ľavom boku. Do úst medzi zuby sa vloží ochranný plastikový náustok. Na pokyn lekára na začiatku výkonu pacient aktívne naznačí hlt, čo umožní vkĺznutie fibroskopu do pažeráka.Prvotný pocit nedostatku vzduchu ako aj napínanie na vracanie, možno zmierniť pravidelným dýchaním a sústredením sa na pokyny vyšetrujúceho lekára a zdravotnej sestry. Vyšetrenie trvá niekoľko minút a nie je bolestivé. Počas neho sa často odoberá bezbolestne vzorka sliznice na histologické vyšetrenie prostredníctvom drobných klieštikov, zavádzaných cez kanálik vo vnútri gastroskopu.

Odber vzorky pacient necíti, poranenie sliznice je minimálne a nebýva zdrojom výraznejšieho krvácania. Histologickým vyšetrením vzorky je možné získať dôležité informácie (zápalové ev. nádorové zmeny, prítomnosť Helicobactera pylori).Komplikácie diagnostickej gastroskopie sú veľmi zriedkavé.  Hodinu po výkone nesmie pacient prijímať stravu a piť tekutiny, má znecitlivené hrdlo – riziko aspirácie, pri bolestiach brucha, alebo iných ťažkostiach /vracanie, nevoľnosť, krvácanie pri vracaní, tmavá – čierna stolica/ treba vyhľadať lekára.